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세무회계사 양 성 직
문 : 저희 교회는 대한예수교장로회 소속^^교회입니다.
그런데 부득이 저희교회가 금번 수용지구에 편입되어 토지 및 건물일체를 양도하여야 하는데 양도소득세가 해당되는지요?
답 : 개별교회를 개인으로 보는 경우에는 소유재산은 총유에 해당하므로 단체를 1거주자로 보아 양도소득세가 과세되며 이 경우 소득세법 및 조세특례제한법상 비과세 등 조세경감규정이 없는 것으로 보이며, 법인으로 보는 경우에는 법인세가 과세되며, 고정자산처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산 처분익은 법인세가 과세되지 아니합니다.(법법3②5호)
종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타교화를 목적으로 사용하던 개인소유의 토지, 건물을 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되는 것으로, 당해 부동산이 개인소유인지 또는 법인(또는 법인으로 보는 단체)소유인지여부는 사실 조사하여 판단할 사항이고, 주무관청에 등록된 교회가 개별교회의 경우에는 관할세무서장에 국세기본법 제13조 제2항 규정에 의한 비영리법인으로 승인 신청하여 승인받은 경우에 한하여 비영리법인으로 보는 것이므로, 승인받지 아니한 경우에는 비영리법인 으로 보지 아니하므로 유의하시기 바랍니다.
한편, 대법원 판례와 각 기관의 유권해석을 보면 문화관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙의 규정에 의해 설립되어 설립허가신청·설립허가·설립관련보고·사업실적 및 사업계획 등의 보고·잔여재산 처분의 허가 등 엄격요건과 비영리법인의 청산 시 필수적인 잔여재산의 분배금지 등이 충족된 경우를 제외하고는 교회를 1거주가인 개인으로 보는 것이며 양도소득세가 과세되는 것임(서면4팀-1382,2005.8.5, 대법2000두1652,2002.2.8, 심사양도2005-186,2005.12.12)
교회를 법인격 없는 사단으로 인정하는 이상, 그 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하고 교인들은 각 교회 활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회 재산을 사용· 수익할 수 있다 할 것인데, 이러한 교회가 법인격 없는 재단으로서의 성격을 함께 갖고 있다고 본다면, 교회재산인 부동산이 교인의 총유이면서 동시에 법인격 없는 재단의 단독소유가 된다는 결과가 되어 그 자체가 모순될 뿐만 아니라 그 소유관계를 혼란스럽게 할 우려가 있으므로, 교회가 법인격 없는 사단이면서 동시에 법인격 없는 재단이라고 볼 수 없다 할 것이어서 교회가 기본재산을 소유하고 있다고 하더라도 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의한 법인격 없는 재단으로 볼 수 없다.(국심 2005중1624, 2005.8.12, 국심 2006중3520, 2006.6.1)
따라서 위의 경우와 같이 1거주자로 보는 경우에 교회의 부동산 양도는 양도소득세 과세가 됨을 알려드리오니 유의하시기 바랍니다.
